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討伐クエストの主な目的は3つあります（亜種については別途後述します）。
討伐対象と手に入る素材・オーブについては、キャラクターと対応関係があります。
現在、討伐クエストは10種類（亜種除く）が用意されており、対応するキャラクターは以下のとおりです。
パイモン以降は、対応キャラが加入した段階から挑戦できます。
討伐クエストで入手できる素材は大きくわけて3種類あります。
（捕獲素材・討伐素材・通常素材という名称は、当wikiで便宜上使用しているもので正式名称ではありません）
Aの捕獲素材については、討伐ボスのHPを減らした際に捕獲コマンドを実行することで入手できる素材です。
具体的には、素材の説明欄に「捕獲をすることで取得可能」とあるものが該当します。
詳しくは「捕獲について」の項の説明をご覧ください。
Bの討伐素材については、討伐ボスのHPを4分の1削るごと（およびHPを0にして撃破した際）にドロップする素材のうち、
討伐クエストでしか手に入らない特殊な素材を指します。
戦闘途中であっても、「撤退」コマンドを実行するとドロップ済みの素材は入手することができます。
また撤退・リタイア・全滅時には、消費スタミナの5割が還元されます。(端数切り上げ)
これら討伐素材は種類が多岐にわたりますが、
傾向として、難易度が上がるごとに（ゲーム内の素材一覧における）左側の素材がドロップしやすくなります。
逆に、高難易度では右側の素材はほとんど落ちないため、素材によってはNやHの方が効率よく集められます。
また一部の討伐クエストでは、下位の討伐素材を合成することで上位素材や最上位素材にできる場合があります。
後述の「破片」の仕組みに近いものですが、下位素材自体が贈り物となっている点で破片システムとは若干異なります。
Cの通常素材については、メインクエストやイベントステージでも入手できる通常の素材です。
これらもBの討伐素材と同様、ボスのHPを削るごとにドロップする場合があります。
ただし入手方法が他にもある素材ですので、あえて討伐クエストでの入手にこだわる必要はありません。
討伐ボスを捕獲するには、以下のすべての条件を満たす必要があります。
これらの条件をすべて満たしている場合、画面右上のコマンドが「捕獲」に変わります。
ターン切り替え時（フォトン選択時）にこの「捕獲」コマンドを押すことで捕獲が行えます。
また、捕獲で手に入るのは以下で述べる捕獲専用素材のみであり、オーブが手に入る事はありません。
捕獲コマンドを実行すると、捕獲専用素材が手に入ります。
これはゲーム内のドロップ一覧において「捕獲をすることで取得可能」と説明がある素材になります。
EXでは一度に2つ手に入ることもありますが、その確率は低いです。
Hでもそこそこ、VHなら高確率で捕獲素材が出るので、捕獲目的で無理して高難易度に挑む必要はありません。
一方、ルゥルゥなど捕獲素材の破片が存在しないボスは、難易度ごとに獲得量が決まっています。
VH以上なら一度に3つ手に入るため、できるだけVH以上での捕獲を試みたい所です。
難易度が低いと捕獲素材自体ではなく、その「破片」しか手に入らない確率が高くなります。(EXでも破片が出ることはあります)
この破片はそのままでは意味を成しませんが、数を集めて合成することで捕獲素材にすることができます。
（たとえば死をあやす者の場合、「灯籠の破片」を集めて合成すると「死をあやす灯籠」になります）
2018年5月のアップデートより、一部の討伐ボスの「亜種」が実装されました。
なお亜種の位置付け・難易度はボスによって大きく異なっているので注意してください。
たとえば通常のベインチェイサーに比べて、その亜種である雷獄華ケラヴノスは難易度が遥かに高いです。
そのため進化素材を集めることが目的であれば挑む必要はまずなく、どちらかといえばSSRオーブ「雷獄華ケラヴノス」取得が主な目的です。
一方で通常の大樹ユグドラシルに比べて、その亜種である水樹ガオケレナは難易度はさほど変わらず、
むしろ手持ちキャラクターによってはユグドラシルよりも撃破・捕獲が楽な場合もあります。
どちらかといえば、ユグドラシルの撃破・捕獲が困難というプレイヤーに対しての救済措置のような側面があると思われます。
初回撃破時に、基本的には敵のスタイルと同じエンブリオを取得できます。
ただし現在、以下の表にある敵は自分のスタイルと違うエンブリオを落とします。
| 敵 | 落とすエンブリオの種類 |
| 嵐炎龍フラカン | カウンター |
| 変貌貝姫リリィ | ラッシュ |
クリアを重ね、難易度毎に設定された撃退数を達成すると完全撃破報酬を得られ、
24時間その討伐ボスに全難易度で挑戦できなくなります。(撃退数がリセットされるのは達成した難易度だけ)
また捕獲では撃退数がカウントされないため、これらの完全撃破報酬を得る事はできません。
難易度エクストリーム(EX)の完全撃破報酬として、対応するメギドの専用オーブを入手することができます。
これらはどれも特徴的な性能を持ち、無課金でも確実に入手できるためこのwikiの攻略情報に出てくる事も多いです。(特にベインチェイサー)
一種のエンドコンテンツではありますが、星1Lv5でも十分な性能を持っているため、戦力に余裕ができたら挑戦してみる事をオススメします。
亜種ではEX完全撃破報酬に加え、EX初回撃破時にも確定でオーブを入手できます。
またどの難易度でも、通常の撃破時(宝箱4個目)に低確率でのドロップが確認されています。
討伐クエストの入手素材・オーブのページをご覧ください。
一部の討伐クエストには、特定のストーリー加入メギドを育成しておくと有利に戦えるものがあります。
| 敵 | 育成できるメギド | 主要な弱点 | 有効なメギド・オーブ |
| 大樹ユグドラシル | バエル | 植物特効・覚醒減少・範囲攻撃 | ブネ（アビスガード装備) |
| 水樹ガオケレナ | （上に加え）凍結 | ブネ（アビスガード装備) ベレト（輝竜アシュトレト装備） | |
| 真珠姫ルゥルゥ | ベリアル | （複数回ヒットする）雷攻撃 | バエル 雷獄華ケラヴノス |
| 魔法猫オスカー | バラム | 点穴 | ベリアル |
| 魔眼賽ドゥーム | アスモデウス | 束縛をはじめとした状態異常 | バラム |
| 氷龍帝オロチ | ウェパルB | 火攻撃・突風 | アスモデウス 嵐炎龍フラカン |
| 愛玩幻獣アイニャ | バラム | ハイドロボム | ウェパルB |
※有効なメギド・オーブは討伐クエストで育成・獲得できるものに限っています
ベリアル辺りから、ベリアル→オスカー（バラム）→ドゥーム（アスモデウス）…といったように、加入したメギドが次の討伐クエストで有利になる流れが明確になっています。
もちろん、この表の流れに従わないと勝てない、という事ではありません。
シトリーがいればバエル（とブネ）の育成やケラヴノスのオーブ取得をスキップして高難易度のルゥルゥに挑めますし、対応する状態異常の手段が十分ならドゥーム用のバラムの育成は必要ないでしょう。
召喚（ガチャ）による手持ちと組み合わせ、可能なところから進めて行くのが良いでしょう。
不死者を育成するにあたっては、各自の手持ちにもよるものの亜種の解放を待ってからの方がスムーズになる場合があります。
特に躓きがちな捕獲の難易度が緩和されているケースが多い点が重要です。
不死者育成に手をつける前に、一度原種亜種両方の攻略ページに目を通し、手持ちを考えた上でどちらが楽かを考えてみましょう。
（ガープ、ブネ、モラクスに関しては時期的にも原種の討伐をお勧めします）
また、ベリアル以降のシナリオ加入キャラは自分のものとは別の大幻獣素材を要求します。（星5以降）
余った素材を全て売却しないよう注意しましょう。
進化素材まとめwikiさんに詳しくまとまっています。
2018/11/26より、「攻略チケット・討伐」がゲームに追加されました。
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