アジトはいわゆる「ホーム」画面になります。 ここを起点に、様々なクエストに挑戦しにいくことができます。
アジトに表示されているキャラクターを長押しすることで、 所持している別キャラクターに変更することができます。
ただし(ルールは分からないのですが)、 配置箇所ごとに担当できるキャラクターが制限されており、 リストに表示されるキャラクターしか選択することができません。
それぞれ以下のページで詳しく解説しています。